Una vez liberada el agua de gran parte de su contaminación a través de las etapas descritas, se le somete a una fase de corrección en si contenido de amoniaco, siendo éste un factor muy importante para la vida piscícola en el río.
Dado que en este punto, las líneas urbanas e industrial deben tener características muy homogeneas, la nitrificación se realiza de forma conjunta para ambos tipos de vertido.